法律经济学的研究方法论包括了研究的逻辑起点、研究的认识论基础和研究的学术认知立场三个部分.研究的逻辑起点是一门学科研究中最基本、最简单的质的规定.法律经济学的逻辑起点是"个体总是进行理性选择"这一"命题",对该命题具体内涵的理解在法律经济学中主要有四种.研究的认识论基础涉及研究者对何为个体对知识的真正认识以及如何获取这些真正认识的基本观念,包括实证主义、规范主义和实用主义三种.法律经济学中的不同流派,甚至同一学者在不同的思想发展时期,都采用了不同的认识论基础.研究的学术认知立场是研究者在分析问题时所采取的基本认知态度和立场,主要包括方法论个体主义和方法论整体主义两种类型.主流法律经济学接纳了方法论个体主义,制度主义法律经济学则坚持了方法论的整体主义.